私自身わかりやすい整理方法をなかなか考え出せずファイル管理には苦戦していましたが、HTMLを書く作業をしていた時、以下のような構造を基本形にすることを思いつきました。
HEAD(環境構築、設定、アプリケーション関連)
BODY(作業ファイル、実務)
FOOT(バックアップ、ログ)
ASSET(画像・音声など素材的ファイル)